La experiencia institucional a la que Flor Naciente da continuidad se remonta a 1989, cuando la Ley 75 de ese año dispuso la creación del Instituto para el Desarrollo de la Democracia Luis Carlos Galán, como establecimiento público del orden nacional adscrito al Ministerio de Educación Nacional.
Entre 1993 y 2004, el Instituto desarrolló proyectos de educación para la democracia, formación ciudadana y liderazgo, dirigidos especialmente a niños, niñas, adolescentes, jóvenes y docentes. Este trabajo permitió construir metodologías de formación y participación comunitaria que posteriormente se aplicaron a nuevos ámbitos sociales y territoriales.
En 2004, el Instituto fue liquidado y reemplazado por la Corporación Escuela Galán para el Desarrollo de la Democracia. Esta transformación convirtió una entidad totalmente estatal en una corporación mixta que continuó y amplió su experiencia mediante proyectos sociales, productivos, comunitarios, educativos, territoriales y de fortalecimiento institucional.
En mayo de 2024, la Asamblea General de Asociados de Escuela Galán decidió su liquidación. Una vez liquidada esta entidad, se constituyó la Corporación Flor Naciente, de la cual Escuela Galán es uno de los socios fundadores. Flor Naciente nació con el propósito de continuar desarrollando los tipos de proyectos ejecutados por Escuela Galán y de poner esa experiencia al servicio de las familias y comunidades vulnerables del país.